Het Nederlands Genootschap voor Japanse Studiën is ontstaan in Zürich, in de marge van de eerste conferentie van de European Association for Japanese Studies die in september 1976 in deze stad gehouden werd. De toenmalige gezant van de Japan in Nederland, Kaneko Kazuo, dreef – een ander woord is er niet - alle Nederlandse deelnemers aan deze conferentie bijeen in een van de vele restaurants die deze stad rijk is. Geïnspireerd door de geest van eenheid en samenwerking die heerste op de conferentie, en meegaand gemaakt door het uitstekende eten en drinken, werd daar besloten, dat er in Nederland een vereniging zou worden opgericht voor de studie van Japan. Het was geen toeval, dat de heer Kaneko dit initiatief nam. De integratie van de Japanse studiën in Nederland stond al enige tijd hoog op de agenda van de Japanse ambassade, en niet alleen gezant Kaneko, maar ook zijn superieur, ambassadeur Takashima Masuo, toonden een grote, persoonlijke belangstelling voor dit project. Al voor de bijeenkomst in Zürich hadden zij op een dergelijke stap aangedrongen, en ook in latere fasen boden zij steeds een helpende hand.
De volgende stap op de weg die uiteindelijk zou leiden tot de stichting van het Genootschap, werd gezet in september 1976. Terug uit Zürich kwam toen, in de woorden van Dr. W.H.M. Creemers, neergeschreven in het voorwoord van Philipp Franz von Siebold, A Contribution to the Study of the Historical Relations between Japan and the Netherlands (‘s-Gravenhage, 1978), “een kleine groep van personen wie de Japanse studiën in Nederland ter harte gingen, overeen,” dat het organiseren van een serie lezingen een goede catalysator zou kunnen zijn om de gewenste samenwerking tussen geleerden die zich bij de studie van Japan betrokken voelden, te realiseren. De eerste serie van lezingen werd volgens plan gehouden in het voorjaar van 1977, en het resultaat werd gepubliceerd met een subsidie van de ambassade en een voorwoord van Dr. Creemers, die toendertijd bij de ambassade werkzaam was.
De laatste stap, de officiële oprichting van het Nederlands Genootschap voor Japanse Studiën, vond plaats tijdens een vergadering die gehouden werd in De Haag op 30 juni 1977, en de statuten werden notarieel vastgelegd op 20 november 1980. Het eerste bestuur was samengesteld uit Prof. Dr. F. Vos (voorzitter), Prof. Dr. J.H. Kamstra (vice-voorzitter), Drs. J.A. Stam (secretaris), en Drs. W.J. Boot (penningmeester).
Naast de overtuigingskracht van ambassadeur Takashima en gezant Kaneko waren er andere goede redenen om een genootschap als dit op te richten. In het midden van de 1970-er jaren was het aantal onderzoekers en studenten dat zich in Japan interesseerde, aanzienlijk toegenomen. Was het vroeger een zeer klein, select groepje geweest binnen de afdeling voor Sinologie en Japanologie van de Leidse universiteit, waar iedereen elkaar kende en waar dientengevolge weinig behoefte werd gevoeld aan verdere integratie, in het midden van de 1970-er jaren ontstond er plotseling belangstelling bij andere universiteiten en bij andere musea dan alleen het Rijksmuseum voor Volkenkunde te Leiden, en begonnen ook onderzoekers die geen Leids-Japanologische achtergrond hadden, het territorium binnen te dringen. Het leek alleszins dienstig deze onderzoekers en belangstellenden samen te brengen in één verband, om zo de uitwisseling van informatie en onderzoeksresultaten te bevorderen en activiteiten te coördineren. In deze opzet is het Genootschap geslaagd. Het telt thans circa 95 leden, en vrijwel iedereen die een serieuze interesse heeft in enig aspect van de Japanse studiën, is lid.
Naar zijn aard is het Genootschap altijd een vereniging van onderzoekers geweest. Zoals is vastgelegd in de statuten, zijn de leden “personen, werkzaam in Nederland op het gebied van Japanse studiën in de ruimste zin, die door hun activiteiten en/of publicaties blijk hebben gegeven aan de doelstelling van het Genootschap te beantwoorden.” De doelstellingen van het Genootschap, ook weer volgens de statuten, zijn (1) het stimuleren van belangstelling voor Japanse studiën en het aanmoedigen van onderzoek, alsmede het verkrijgen van subsidies hiervoor, (2) het organiseren van lezingen, bijeenkomsten en symposia, en (3) het verzorgen van publicaties.
In de praktijk kan een onderscheid worden gemaakt tussen programma’s van lezingen bestemd voor een algemeen publiek, die in de regel georganiseerd worden in samenwerking met de Nederlands-Japanse Vereniging, en rapportages over lopend onderzoek die alleen kunnen worden bijgewoond door leden van het Genootschap. Deze rapportages zijn begonnen in 1983, en worden gekoppeld aan de twee huishoudelijke vergaderingen die per jaar gehouden worden. Toen, aan het begin van het nieuwe millennium bleek, dat het animo voor lezingen afnam, is besloten in plaats van lezingen te experimenteren met “dagen” die gewijd zouden zijn aan een enkel thema. Van deze “dagen” hebben we er tot nog toe drie gehad: een dag gewijd aan de 47 rōnin (mei 2004), een dag van de Japanse poëzie (januari 2005), en een dag van de Japanse muziek (oktober 2007); elke keer hebben we de gastvrijheid genoten van het Rijksmuseum voor Volkenkunde te Leiden en gebruik kunnen maken van de faciliteiten van het museum.
Aanvankelijk was het regel, dat de lezingen in eigen beheer werden gepubliceerd. Na het boek over Von Siebold volgden Japan in Transition. Some Views on the Impact of the Meiji Restoration on the Modernisation of Japan (Leiden, 1978/79), Modern Relations between Japan and the Netherlands (Leiden, 1981), en Women in Japanese Literature (Leiden, 1981). Vanwege financiële en organisatorische problemen zijn de lezingen van volgende series niet meer gepubliceerd. Een late uitzondering wordt gevormd door Toyotomi Hideyoshi: geweldenaar en parvenu in het Japan van de 16e eeuw (Leiden: Uitgeverij Plantage, 2002), dat is gebaseerd op een serie lezingen over Hideyoshi en is geredigeerd door Mw. Dr. E.G. de Poorter.
Naast de lezingenreeks is het Genootschap ook een serie van monografieën begonnen, Japonica Neerlandica geheten, die aanvankelijk werd uitgebracht bij de Gieben Publishers in Amsterdam. De eerste boeken die in deze serie uitkwamen, waren M. Forrer, Eirakuya Toshirō, Publisher in Nagoya (1985), en E.G. de Poorter, Zeami’s Talks on Sarugaku (1986). In 1998 werd de serie overgenomen door Hotei Publishing, die haar in 2001 onderbracht bij het Koninklijk Instituut voor de Tropen. Sinds 2007 is de serie ondergebracht bij de uitgeverij Brill.
In 2001 begon het Genootschap ook een serie van populariserende publicaties “Licht op Japan,” die uitkomt bij Salomé - Amsterdam University Press. In deze serie zijn tot op heden acht titels verschenen.
In 1982 organiseerde het Genootschap het derde congres van de European Association for Japanese Studies, dat in Den Haag gehouden werd.
Het vierde lustrum van het Genootschap werd op 16 december 1997 gevierd, en luister bijgezet door voordrachten van de hoogleraren Joseph Kreiner (Universität Bonn), Karel van Wolferen (UvA), William LaFleur (University of Pennsylvania), Frits Vos (em. Universiteit Leiden) en ambassadeur Ikeda Tadashi.
Ook heeft het Genootschap, samen met zijn Japanse zusterorganisaties Yōgakushi Gakkai en Ishi Gakkai, het “Second Symposium on the Historical Relations between the Netherlands and Japan” georganiseerd, dat in 1993 werd gehouden in Amsterdam en Leiden.